Op 6 september 1928 werd de synagoge aan de Linnaeusstraat ingewijd. Een comité van buurtbewoners had geld bijeengebracht voor de fraaie gebrandschilderde ramen, naar ontwerp van Leo Pinkhof. Omdat veel joden in die periode uit de binnenstad wegtrokken naar de nieuwe wijken, was daar grote behoefte aan synagoges. Aan het Jacob Obrechtplein was in datzelfde jaar ook al een synagoge ingewijd.
In de Transvaalbuurt kwamen veel joden te wonen uit krotwoningen rondom het Waterlooplein. Beter gesitueerde joden trokken naar Plan Zuid of de Watergraafsmeer. Als jongetje uit die laatste buurt had ik veel joodse vriendjes. Dikwijls werd me gevraagd op sabbat handelingen bij hen thuis te verrichten die zij dan niet mochten doen, zoals het licht aansteken. Ook probeerde ik eens met een joods vriendje mee naar binnen te gaan in de sjoel (synagoge) aan de Linnaeusstraat. Boven aan de trap gekomen werd ik eruit geplukt met de mededeling: ‘Ga jij maar buiten spelen.’ Enige tijd later probeerde ik het weer, nu kreeg ik ‘Sodemieter op’ te horen. Maar toen had ik door waarom ik eruit gepikt werd: ik had geen petje op en de joodse jongens wel. De volgende keer, met pet, lukte het wel binnen te komen. Maar ik zat me algauw te vervelen omdat ik de dienst uit onwetendheid niet kon volgen. De eentonige zang van de voorzanger kon me ook niet zo bekoren. Ik ben netjes tot het eind van de dienst blijven zitten, maar had er geen behoefte aan er nog eens binnen te gaan.
Tijdens de vreselijke oorlogsjaren stond het gebouw leeg. Na de bevrijding kwam men weer bijeen in een bijgebouw van de sjoel, maar de weinige joden die de oorlog hadden overleefd konden de exploitatie niet meer opbrengen. In 1956 was de laatste dienst en in 1962 werd het prachtige, statige gebouw afgebroken. De gebrandschilderde ramen en het mooie koperen hekwerk van de vrouwengalerij waren toen al geschonken aan een synagoge in Israël.
Een prijsvraag die het stadsdeel Oost/Watergraafsmeer in 2006 uitschreef, leverde veel verhalen op over de beide synagoges aan de Linnaeusstraat. De vraag was welk gebouw was afgebeeld (dat was de oude synagoge) en welke herinneringen mensen daaraan hadden. Dit is een ingekorte versie van een van de opgestuurde verhalen.